ในปีการศึกษา 2556 – 2560 โครงการ วมว. มน. ได้รับอนุมัติจากกระทรวงวิทยาศาสตร์ฯ จัดตั้งห้องเรียนโครงการ วมว. 1 ห้องเรียน โดยเน้นความเชี่ยวชาญและความโดดเด่นทางวิชาการของมหาวิทยาลัยที่สอดคล้องกับ THAIST จัดการเรียนการสอนสอดคล้องกับสาขาวิชานวัตกรรมวัสดุ นวัตกรรมเพื่อการเกษตรและสาขานิติวิทยาศาสตร์ เปิดรับนักเรียนชั้นปีละ 30 คน รวมทั้งสิ้น 90 คน ต่อมาในปีการศึกษา 2561 – 2563 มีการเพิ่มห้องเรียน วมว. จำนวน 1 ห้องเรียน โดยจัดการเรียนการสอนของแต่ละห้องเรียนให้มีความโดดเด่นที่แตกต่างคือ เน้นพัฒนาเกษตรปลอดภัยและการแปรรูปหลากหลาย และนวัตกรรมชีวภาพการแพทย์ จำนวนนักเรียนชั้นปีละ 60 คน รวมทั้งสิ้น 180 คน และต่อมา โครงการ วมว. ระยะที่ 3 ระยะเวลา 20 ปี (พ.ศ. 2564- 2583) คู่ศูนย์มหาวิทยาลัยนเรศวร ได้พัฒนาหลักสูตรของทั้ง 2 ห้องเรียน